Works
Giant Virus
メドゥーサウイルス感染アカントアメーバ細胞における、感染経過による細胞核や細胞内小胞の大きさを追跡し、定量化することに成功しました。その結果、メドゥーサウイルスのもつ他の巨大ウイルスには見られない、宿主細胞に対する行動学的影響を明らかにすることができました。
分子系統学的解析をもとに、メドゥーサウイルスの新たな分類を提唱しました。現在までに分離した２つのメドゥーサウイルス株（メドゥーサウイルスならびにメドゥーサウイルス・ステノー）は、マモノ（魔物）ウイルス科、メドゥーサウイルス属に分類され、種名をメドゥーサウイルス・メドゥーサエならびにメドゥーサウイルス・ステヌスとすることを提唱しました。
メドゥーサウイルス粒子にはカプシド内部の構成成分の違いにより４種類のものがあり、それらがどのように成熟し、細胞外へと放出されるのかを明らかにしたのと同時に、メドゥーサウイルスカプシドの詳細構造をクライオ電顕により明らかにしました。また、その生物学的意義は不明ですが、メドゥーサウイルス粒子が宿主のミトコンドリアに入り込むことも明らかにしました。正二十面体の真核生物ウイルスがミトコンドリア内に侵入することがわかったのは、メドゥーサウイルスが初めてです。
独自に開発したアルゴリズムを使って遺伝子クラスターの適応進化をシミュレーションすることにより、生物やウイルスの遺伝子・ゲノム進化のしくみの一端を明らかにした論文です。特にウイルスに関して、二本鎖DNAウイルスのゲノムがなぜほかのタイプのウイルスに比べて大きく進化するのか、そのしくみを理論的に考察しています。
世界で４例目、日本で初となるPhylum Dependentiae（バクテリアの一種）の分離報告論文です。メタゲノム解析ではすでに多くの報告があります。巨大ウイルスではありませんが、巨大ウイルスの探索過程で偶然発見したもので、巨大ウイルスの宿主として知られるVermamoeba vermiformisを宿主とする偏性細胞内寄生体の一種です。
アメーバ動態解析プログラムPKA3を用いて、各巨大ウイルスに感染したアカントアメーバの動態における特徴を定量的に明らかにした論文です。
メドゥーサウイルスのトランスクリプトーム解析論文です。ヒストンH1が他のコアヒストンよりも初期に転写されることが明らかとなりました。
ミミウイルス科・メガミミウイルス亜科における新規系統に属するCotonvirus japonicusに関するゲノムならびに生活環解析論文です。ツパンウイルスと同程度のゲノムサイズを持ち、ウイルス工場形成にゴルジ体を用いるという興味深い特徴があります。
新潟の川の河口付近の水からの、日本産３例目となるパンドラウイルス（Pandoravirus japonicus）の分離と、そのゲノム解析に関する論文です。
マルセイユウイルス科のB系統のウイルスが宿主に細胞凝集体を作らせることがわかっていましたが、そのしくみにアカントアメーバのガラクトース認識機構が関与していることを示した論文です。
京都の川の水からの、メドゥーサウイルスの姉妹株であるMedusavirus sthenoの分離と、そのゲノム解析に関する論文です。メドゥーサウイルスとはいくつか遺伝子の存在状態が異なることが明らかになりました。
メドゥーサウイルスの知見やここ数年の先行研究の知見を合わせ、新たな細胞核ウイルス起源説を提唱した論文です。これまで謎であったゲノムが核膜に包まれたメカニズム、リボソームが核膜の外に排除された理由を、明確に説明することができています。
位相差顕微鏡によりアメーバをタイムラプス撮影した動画に対して、画像解析を行うプログラム「PKA3」を開発しました。これを用いて、アメーバ細胞の大きさや形状の変化、数や動きなどを定量化し、巨大ウイルスに感染したアメーバの動きの変化を分析しました。
数グラムの河岸の土壌から二種のパンドラウイルスとミミウイルスを同時に分離しました。パンドラウイルスの発見は、日本ではこの研究が初めてです。また巨大ウイルスの発生源の一つが土壌であることを強調する結果となりました。
ミミウイルスゲノム中の16箇所の一塩基置換(SNSs)を用いることで、Lineage A のミミウイルスをさらに細かく分類できることを明らかにしました。また武村研究室で以前に採取された９種類のミミウイルスについて、4箇所のSNSsを用いて検証し、全てLineage A の Type 2 であることを明らかにしました。
水サンプルから合計15種類のマルセイユウイルスの分離に成功しました。分離されたマルセイユウイルスは、Linaege A と Linaege B の２種類であることを明らかにしました。１つの水サンプルからの複数種類の巨大ウイルスの分離に成功した研究は世界で初めてです。
Gram-positive bacteria-like DNA binding machineries involved in replication initiation and termination mechanisms of Mimivirus
Motohiro Akashi, Masaharu Takemura
DNA複製に関与すると考えられる因子及びそれらの認識配列を推定しました。巨大ウイルスのDNA複製機構は未だ解明が進んでいませんが、本研究はその足がかりとなるものです。
DNA複製に関与すると考えられる因子及びそれらの認識配列を推定しました。巨大ウイルスのDNA複製機構は未だ解明が進んでいませんが、本研究はその足がかりとなるものです。
新種の巨大ウイルスであるメドゥーサウイルスを温泉水から分離し、そのゲノム解析を行いました。ヒストン遺伝子を真核生物と同じく５種類持つこと、真核生物のDNAポリメラーゼδと非常によく似たものを持つことなど、面白い特徴を持っています。巨大ウイルスの中でも真核生物の進化に最も大きく関わってきたウイルスである可能性が示唆されています。
Nearly Complete Genome Sequences of Two Mimivirus Strains Isolated from a Japanese Freshwater Pond and River Mouth
Masaharu Takemura, Tatsuya Mikami, Shingo Murono
2種類のミミウイルスのゲノムシーケンスを報告した論文です。ミミウイルスの分離はこの論文が日本で初めての報告でした。
2種類のミミウイルスのゲノムシーケンスを報告した論文です。ミミウイルスの分離はこの論文が日本で初めての報告でした。
Morphological and taxonomic properties of Tokyovirus, the first Marseilleviridae member isolated from Japan
Masaharu Takemura
トーキョーウイルスの形態学的および分類学的な調査を行った論文です。トーキョーウイルスはマルセイユウイルス科に属していますが、これまで見つかったマルセイユウイルスとは少し異なった特性を持つことを示しました。
トーキョーウイルスの形態学的および分類学的な調査を行った論文です。トーキョーウイルスはマルセイユウイルス科に属していますが、これまで見つかったマルセイユウイルスとは少し異なった特性を持つことを示しました。
Draft genome sequence of Tokyovirus, a member of the family Marseilleviridae isolated from the Arakawa River of Tokyo, Japan
Masaharu Takemura
日本初の巨大ウイルスであるトーキョーウイルスを報告した論文です。この論文ではゲノムシーケンスのみを報告しています。
日本初の巨大ウイルスであるトーキョーウイルスを報告した論文です。この論文ではゲノムシーケンスのみを報告しています。
Evolution of Eukaryotic DNA Polymerases via Interaction Between Cells and Large DNA Viruses
Masaharu Takemura, Yokobori Shinichi, Ogata Hiroyuki
巨大ウイルスのDNAポリメラーゼと、真核生物や古細菌のポリメラーゼを遺伝子解析により比較し、これらの遺伝子が水平伝播によって進化したことを示唆しました。巨大ウイルスが核の起源に関わっている可能性を示した初めての研究です。
巨大ウイルスのDNAポリメラーゼと、真核生物や古細菌のポリメラーゼを遺伝子解析により比較し、これらの遺伝子が水平伝播によって進化したことを示唆しました。巨大ウイルスが核の起源に関わっている可能性を示した初めての研究です。
Poxviruses and the Origin of the Eukaryotic Nucleus
Masaharu Takemura
ウイルスが真核生物の核の起源に関わっているという仮説を、初めて提唱した論文です。当時はミミウイルスは報告されておらず、巨大ウイルスという名前もまだなかったため、ポックスウイルスと真核生物の遺伝子解析の結果から仮説を提唱しています。
ウイルスが真核生物の核の起源に関わっているという仮説を、初めて提唱した論文です。当時はミミウイルスは報告されておらず、巨大ウイルスという名前もまだなかったため、ポックスウイルスと真核生物の遺伝子解析の結果から仮説を提唱しています。
Biology and Virus Education
突然変異とお米の食感を体験できる生物実験教材の開発研究です。コロナ禍が過ぎ、突然変異などの分子レベルの生物教育は、今後ますます重要になってきます。
塩基配列の違いを示す資料と食べ比べを併用することでお米の食感と遺伝子（Wx遺伝子）との関係を生で感じられる、高校の授業設計に関する論文です。
DNA二重らせんモデルと塩基の相補性を示すいくつかの立体教材について、その教育効果を検討し、塩基の相補性を確実に反映させたボール紙・レゴブロック・磁石併用モデル教材が有効であることを示しました。
生徒がテキストに下線を引くとそれが教師にリアルタイムに伝わり、生徒がどこを面白いと思い、重要だと思い、またわからないと感じているかが網羅的にわかるスマホアプリを利用して、３ドメイン説と細胞内共生説を結びつけた図の有無により生徒の理解がどう異なるかを評価する方法について研究を行いました。
ミミウイルスと宿主であるアカントアメーバを用い、ウイルスが生物に感染する過程を学ぶことのできる教材「VIRAMOS（Virus-Amoeba Observation Sheet）」を開発しました。栄養条件とウイルス感染の進行の違いについて、実際の顕微鏡写真で知ることができます。VIRAMOSはこちらから取得することができます。
「複製」と「転写」の誤理解もしくは混同に関する考察～旧課程で学んだ大学生に対する質問紙調査の結果から～
倉林真理緒、武村政春
Giant Virus
メドゥーサウイルス感染アカントアメーバ細胞における、感染経過による細胞核や細胞内小胞の大きさを追跡し、定量化することに成功しました。その結果、メドゥーサウイルスのもつ他の巨大ウイルスには見られない、宿主細胞に対する行動学的影響を明らかにすることができました。
分子系統学的解析をもとに、メドゥーサウイルスの新たな分類を提唱しました。現在までに分離した２つのメドゥーサウイルス株（メドゥーサウイルスならびにメドゥーサウイルス・ステノー）は、マモノ（魔物）ウイルス科、メドゥーサウイルス属に分類され、種名をメドゥーサウイルス・メドゥーサエならびにメドゥーサウイルス・ステヌスとすることを提唱しました。
メドゥーサウイルス粒子にはカプシド内部の構成成分の違いにより４種類のものがあり、それらがどのように成熟し、細胞外へと放出されるのかを明らかにしたのと同時に、メドゥーサウイルスカプシドの詳細構造をクライオ電顕により明らかにしました。また、その生物学的意義は不明ですが、メドゥーサウイルス粒子が宿主のミトコンドリアに入り込むことも明らかにしました。正二十面体の真核生物ウイルスがミトコンドリア内に侵入することがわかったのは、メドゥーサウイルスが初めてです。
独自に開発したアルゴリズムを使って遺伝子クラスターの適応進化をシミュレーションすることにより、生物やウイルスの遺伝子・ゲノム進化のしくみの一端を明らかにした論文です。特にウイルスに関して、二本鎖DNAウイルスのゲノムがなぜほかのタイプのウイルスに比べて大きく進化するのか、そのしくみを理論的に考察しています。
世界で４例目、日本で初となるPhylum Dependentiae（バクテリアの一種）の分離報告論文です。メタゲノム解析ではすでに多くの報告があります。巨大ウイルスではありませんが、巨大ウイルスの探索過程で偶然発見したもので、巨大ウイルスの宿主として知られるVermamoeba vermiformisを宿主とする偏性細胞内寄生体の一種です。
アメーバ動態解析プログラムPKA3を用いて、各巨大ウイルスに感染したアカントアメーバの動態における特徴を定量的に明らかにした論文です。
メドゥーサウイルスのトランスクリプトーム解析論文です。ヒストンH1が他のコアヒストンよりも初期に転写されることが明らかとなりました。
ミミウイルス科・メガミミウイルス亜科における新規系統に属するCotonvirus japonicusに関するゲノムならびに生活環解析論文です。ツパンウイルスと同程度のゲノムサイズを持ち、ウイルス工場形成にゴルジ体を用いるという興味深い特徴があります。
新潟の川の河口付近の水からの、日本産３例目となるパンドラウイルス（Pandoravirus japonicus）の分離と、そのゲノム解析に関する論文です。
マルセイユウイルス科のB系統のウイルスが宿主に細胞凝集体を作らせることがわかっていましたが、そのしくみにアカントアメーバのガラクトース認識機構が関与していることを示した論文です。
京都の川の水からの、メドゥーサウイルスの姉妹株であるMedusavirus sthenoの分離と、そのゲノム解析に関する論文です。メドゥーサウイルスとはいくつか遺伝子の存在状態が異なることが明らかになりました。
メドゥーサウイルスの知見やここ数年の先行研究の知見を合わせ、新たな細胞核ウイルス起源説を提唱した論文です。これまで謎であったゲノムが核膜に包まれたメカニズム、リボソームが核膜の外に排除された理由を、明確に説明することができています。
位相差顕微鏡によりアメーバをタイムラプス撮影した動画に対して、画像解析を行うプログラム「PKA3」を開発しました。これを用いて、アメーバ細胞の大きさや形状の変化、数や動きなどを定量化し、巨大ウイルスに感染したアメーバの動きの変化を分析しました。
数グラムの河岸の土壌から二種のパンドラウイルスとミミウイルスを同時に分離しました。パンドラウイルスの発見は、日本ではこの研究が初めてです。また巨大ウイルスの発生源の一つが土壌であることを強調する結果となりました。
ミミウイルスゲノム中の16箇所の一塩基置換(SNSs)を用いることで、Lineage A のミミウイルスをさらに細かく分類できることを明らかにしました。また武村研究室で以前に採取された９種類のミミウイルスについて、4箇所のSNSsを用いて検証し、全てLineage A の Type 2 であることを明らかにしました。
水サンプルから合計15種類のマルセイユウイルスの分離に成功しました。分離されたマルセイユウイルスは、Linaege A と Linaege B の２種類であることを明らかにしました。１つの水サンプルからの複数種類の巨大ウイルスの分離に成功した研究は世界で初めてです。
Gram-positive bacteria-like DNA binding machineries involved in replication initiation and termination mechanisms of Mimivirus
Motohiro Akashi, Masaharu Takemura
DNA複製に関与すると考えられる因子及びそれらの認識配列を推定しました。巨大ウイルスのDNA複製機構は未だ解明が進んでいませんが、本研究はその足がかりとなるものです。
DNA複製に関与すると考えられる因子及びそれらの認識配列を推定しました。巨大ウイルスのDNA複製機構は未だ解明が進んでいませんが、本研究はその足がかりとなるものです。
新種の巨大ウイルスであるメドゥーサウイルスを温泉水から分離し、そのゲノム解析を行いました。ヒストン遺伝子を真核生物と同じく５種類持つこと、真核生物のDNAポリメラーゼδと非常によく似たものを持つことなど、面白い特徴を持っています。巨大ウイルスの中でも真核生物の進化に最も大きく関わってきたウイルスである可能性が示唆されています。
Nearly Complete Genome Sequences of Two Mimivirus Strains Isolated from a Japanese Freshwater Pond and River Mouth
Masaharu Takemura, Tatsuya Mikami, Shingo Murono
2種類のミミウイルスのゲノムシーケンスを報告した論文です。ミミウイルスの分離はこの論文が日本で初めての報告でした。
2種類のミミウイルスのゲノムシーケンスを報告した論文です。ミミウイルスの分離はこの論文が日本で初めての報告でした。
Morphological and taxonomic properties of Tokyovirus, the first Marseilleviridae member isolated from Japan
Masaharu Takemura
トーキョーウイルスの形態学的および分類学的な調査を行った論文です。トーキョーウイルスはマルセイユウイルス科に属していますが、これまで見つかったマルセイユウイルスとは少し異なった特性を持つことを示しました。
トーキョーウイルスの形態学的および分類学的な調査を行った論文です。トーキョーウイルスはマルセイユウイルス科に属していますが、これまで見つかったマルセイユウイルスとは少し異なった特性を持つことを示しました。
Draft genome sequence of Tokyovirus, a member of the family Marseilleviridae isolated from the Arakawa River of Tokyo, Japan
Masaharu Takemura
日本初の巨大ウイルスであるトーキョーウイルスを報告した論文です。この論文ではゲノムシーケンスのみを報告しています。
日本初の巨大ウイルスであるトーキョーウイルスを報告した論文です。この論文ではゲノムシーケンスのみを報告しています。
Evolution of Eukaryotic DNA Polymerases via Interaction Between Cells and Large DNA Viruses
Masaharu Takemura, Yokobori Shinichi, Ogata Hiroyuki
巨大ウイルスのDNAポリメラーゼと、真核生物や古細菌のポリメラーゼを遺伝子解析により比較し、これらの遺伝子が水平伝播によって進化したことを示唆しました。巨大ウイルスが核の起源に関わっている可能性を示した初めての研究です。
巨大ウイルスのDNAポリメラーゼと、真核生物や古細菌のポリメラーゼを遺伝子解析により比較し、これらの遺伝子が水平伝播によって進化したことを示唆しました。巨大ウイルスが核の起源に関わっている可能性を示した初めての研究です。
Poxviruses and the Origin of the Eukaryotic Nucleus
Masaharu Takemura
ウイルスが真核生物の核の起源に関わっているという仮説を、初めて提唱した論文です。当時はミミウイルスは報告されておらず、巨大ウイルスという名前もまだなかったため、ポックスウイルスと真核生物の遺伝子解析の結果から仮説を提唱しています。
ウイルスが真核生物の核の起源に関わっているという仮説を、初めて提唱した論文です。当時はミミウイルスは報告されておらず、巨大ウイルスという名前もまだなかったため、ポックスウイルスと真核生物の遺伝子解析の結果から仮説を提唱しています。
Biology and Virus Education
突然変異とお米の食感を体験できる生物実験教材の開発研究です。コロナ禍が過ぎ、突然変異などの分子レベルの生物教育は、今後ますます重要になってきます。
塩基配列の違いを示す資料と食べ比べを併用することでお米の食感と遺伝子（Wx遺伝子）との関係を生で感じられる、高校の授業設計に関する論文です。
DNA二重らせんモデルと塩基の相補性を示すいくつかの立体教材について、その教育効果を検討し、塩基の相補性を確実に反映させたボール紙・レゴブロック・磁石併用モデル教材が有効であることを示しました。
生徒がテキストに下線を引くとそれが教師にリアルタイムに伝わり、生徒がどこを面白いと思い、重要だと思い、またわからないと感じているかが網羅的にわかるスマホアプリを利用して、３ドメイン説と細胞内共生説を結びつけた図の有無により生徒の理解がどう異なるかを評価する方法について研究を行いました。
ミミウイルスと宿主であるアカントアメーバを用い、ウイルスが生物に感染する過程を学ぶことのできる教材「VIRAMOS（Virus-Amoeba Observation Sheet）」を開発しました。栄養条件とウイルス感染の進行の違いについて、実際の顕微鏡写真で知ることができます。VIRAMOSはこちらから取得することができます。
「複製」と「転写」の誤理解もしくは混同に関する考察～旧課程で学んだ大学生に対する質問紙調査の結果から～
倉林真理緒、武村政春
東京理科大学武村政春研究室 © 2024 Takemura Lab. All right researved.